2009年4月6日，《中共中央國務院關于深化醫藥衛生體制改革的意見》正式公布，從2009年到2011年，重點抓好基本醫療保障制度等五項改革。新醫改方案中，中央政府正式提出建設城鄉居民基本醫療衛生保健制度的四梁八柱架構，新醫改政策不僅明確了未來的目標和方向，最為重要的是每一個環節都對信息技術的應用提出了更高要求，包括建立實用共享的醫藥衛生信息系統，逐步實現互聯互通；以建立居民健康檔案為重點，構建鄉村和社區衛生信息網絡平臺；以醫院管理和電子病歷為重點，推進醫院信息化建設。

2010年10月15日～18日，十七屆五中全會通過了《中共中央關于制定國民經濟和社會發展的第十二個五年規劃的建議》，“十二五”規劃“35212工程”中著重指出：“十二五”期間，我國將重點建設國家級、省級和地市級三級衛生信息平臺；加強信息化在公共衛生、醫療服務、新農合、基本藥物制度、綜合管理五項業務中深入應用；建設電子健康檔案和電子病歷兩個基礎數據庫；建設一個醫療衛生信息專用網絡；逐步建設信息安全體系和信息標準體系。到2010年末，財政部又新增119億元專項資金用于支持醫改，其中27億元直接用于為衛生信息化建設。

自2009年新醫改啟動至2010年末，醫療衛生信息化始終是醫改工作的重要支柱。在新一輪的醫療改革浪潮中，醫療系統的信息化建設必然是創新制度的利器。

醫院信息化現狀與問題

信息化是醫院現代化的重要組成部分，是提高醫院工作效率、降低醫療業務成本的重要舉措，也是提高醫療質量、服務水平和創新醫療服務模式的重要手段。醫院信息化的根本目的是快捷、全面地傳遞病人信息，為醫生診斷和醫院管理提供全方位服務，建立醫院信息數據倉庫，提供最大限度的醫療信息共享。近兩年醫院的信息化發展比較迅速，也比較規范，信息化的環境很好，無論國家還是醫院都不同程度加大了信息化的投入力度。2008年，衛生部統計信息中心對全國3765所醫院的調查結果顯示，門急診劃價收費系統、門急診藥房管理系統、住院患者費用管理系統、藥庫管理使用最為廣泛，均超過80%，說明以收費為中心的HIS系統已在大部分醫院應用。（數據來源于衛生部統計信息中心）

醫院的信息化現在面臨的一大難題是醫院現有業務流程很難改變，一方面積習難改，另一方面信息化對醫院的影響巨大，屬于結構性調整。雖然業務流程的合理重組中可借助計算機軟件對醫療業務流程進行分析，根據醫院的業務特點和管理目標用計算機模擬仿真，提供出多套流程重組方案供選擇，不過體制因素使得很多醫院的信息化管理仍模擬甚至沿襲現有流程的弊端。

公共衛生管理與服務體系

2008年10月23日，在衛生部、世界銀行、世界衛生組織聯合舉辦的健康與發展高層論壇上，世衛組織預測到2015年，中國慢病直接醫療費用將超過5000億美元。預防慢性病是提升國民素質和建設小康社會的一項重大戰略，公共衛生網絡系統在疾病控制方面發揮著重要作用。

為了保障社會公共衛生水平的不斷提高，國家和各省市加大了對公共衛生信息系統建設的投入力度，根據統一規劃、分步實施、突出重點、互連互通、強化職責、依法管理的原則，積極部署完成國家公共衛生信息系統建設。上海市長寧區衛生局副局長池捷指出：“公共衛生信息化應注重倡導‘大公共衛生領域’的概念，疾病預防的信息系統建設應與臨床及醫院信息系統的建設相融合。”

公共衛生信息化建設的目標是建立覆蓋各級醫療衛生機構，觸角延伸到城鄉社區的高效、快速、通暢的信息網絡系統；建立中央、省、市疫情和突發公衛事件預警和應急指揮系統，提高公衛管理、醫療救治、科學決策和應急指揮能力；加強法制和標準化建設，規范和完善公共衛生信息的收集、整理、分析，提高信息質量。

基本醫療保障體系

在新醫改方案中，政府正式承諾中國將在2011年實現“基本醫療保障制度全面覆蓋城鄉居民”。

新醫改方案明確提出：“城鎮職工基本醫療保險、城鎮居民基本醫療保險、新型農村合作醫療和城鄉醫療救助共同組成基本醫療保障體系，分別覆蓋城鎮就業人口、城鎮非就業人口、農村人口和城鄉困難人群。2009年全面推開城鎮居民基本醫療保險，重視解決老人、殘疾人和兒童的基本醫療保險問題；全面實施新型農村合作醫療制度，逐步提高政府補助水平，適當增加農民繳費，提高保障能力；完善城鄉醫療救助制度，對困難人群參保及其難以負擔的醫療費用提供補助，筑牢醫療保障底線。”國務院發展研究中心社會發展部部長葛延風認為：“建立覆蓋全民的醫保制度，目的在于實現醫藥費用的合理分擔，這是解決老百姓‘看病貴’最核心的措施。”

基層醫療衛生服務體系

新醫改方案明確提出要健全基層醫療衛生服務體系，重點加強縣級醫院（含中醫院）、鄉鎮衛生院、邊遠地區村衛生室和困難地區城市社區衛生服務中心建設。4月8日，財政部副部長王軍表示在未來三年增加的8500億元投入中，絕大部分將用于基層，重點向中西部傾斜，促進基本公共衛生服務逐步均等化。10月11日，北京市衛生局與內蒙古自治區衛生廳在小湯山醫院簽署了對口支援協議，確定北京23所三級綜合醫院和3所三級專科醫院對口支援內蒙古36所旗縣醫院。這是《中共中央國務院關于深化醫藥衛生體制改革的意見》出臺后，我國開展的首個醫療服務對口支援工程。這一系列舉措都表明了國家在不斷加強對基層醫療衛生的投入。

國家基本藥物管理制度

當前，我國有6000多家制藥企業，藥廠低水平競爭問題嚴重，生產、流通不規范，這是造成造價虛高的一個非常重要的原因。實施基本藥物制度，對醫保藥物將實行統一招標、配送，將規范藥品流通。

2009年8月份，國務院發布了《關于建立國家基本藥物制度的實施意見》，醫療業界翹首企盼的基本藥物制度終于出臺。該意見包括基層醫療衛生機構配備使用和其他醫療機構配備使用兩個部分。《關于建立國家基本藥物制度的實施意見》政策的某些細節甚至關乎某些醫藥企業的生死存亡，產品進目錄則生，不進則死。而對普通百姓來說，可供選擇的物美價廉的藥越來越多，對解決老百姓當前“看病貴”這一難題無疑是一件好事。

2011年2月17日，國務院公布了《醫藥衛生體制五項重點改革2011年度主要工作安排》（以下稱《工作安排》）。《工作安排》明確提出2011年實現國家基本藥物制度將實現基層全覆蓋。在安排提出的時間表當中可以看到，基本藥物制度和公立醫院改革是2011年醫改工作的重點。